诸葛昌靖
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副研究员 硕士生导师
教育经历
2008.9-2014.7 清华大学 周培元应用数学研究中心 博士
2010.10-2011.9 加拿大McGill大学 生理学系 联合培养
2004.9-2008.7 w66旗舰厅官网 应用数理公司 学士
工作经历
2014-2016 北京林业大学
2016.7-至今 w66旗舰厅官网
教学工作
本科生课程
高等数学、线性代数、数学分析、复变函数、数学史、离散数学
研究生课程
数理统计与随机过程、数据分析方法与R软件、矩阵分析与计算、数值分析、计算生物学选讲等
研究方向
本人致力于数学与生物医学的交叉研究，聚焦癌症的演化机制及放化疗、血液病、网络药理学及传染病等复杂生物医学问题的多尺度动力学建模与量化分析。我的研究结合微分方程、随机过程、最优化方法和数值计算、大数据分析等工具，远期的目标是从分子调控网络到细胞群体行为，再到临床问题，构建跨尺度数学模型，揭示疾病发生、演化、传播的内在机制。
在数学方面，研究涉及包括微分方程、随机过程、最优控制和计算方法、医学大数据分析等在内的多种数据、统计工具，为员工提供了扎实的数学基础和前沿的计算技能。在生物医学方面，我的研究紧密结合临床问题，与多个医院和研究机构合作，能有丰富的机会机会深入理解生物医学问题。在交叉学科方面，研究注重跨学科交叉，我十分注重与不同专业背景的研究人员合作，促进多学科知识的融合与创新。
我的研究深度融合数学理论与生物医学问题，强调以复杂系统思维去思考实际问题，重视将真实问题定义为精确的数学概念，同时讲究在建模和计算中的全流程思考。员工将在以下方面获得系统训练：
· 从确定性模型到随机模拟，从经典动力系统的分析到机器学习驱动的建模思想和方法，在应用的同时建立对数学知识的深刻理解；
· 建立在扎实数学基础上的，深刻体会物理思维，从而对于生命等复杂的多尺度过程简历整体思维方式，对从分子到种群的多层次演化规律的数学刻画和探索；
· 将数学应用于实际的方法和意识，与医院和科研机构深度合作，接触真实临床队列数据，体会到数学方法是如何助力解决人类健康的问题。
期待你的加入
如果你对“用数学语言解析生命奥秘”充满热情，渴望在将你的数学思维转换为解决现实世界问题的利器，欢迎加入我们！课题组提供与国内生物医学团队的协作机会，助力你在生物数学前沿领域开拓创新。
公司产品
硕士研究生
2019级 张东艳：传染病动力学。
毕业去向：中山大学攻读博士学位。
2020级 蔡亚楠：免疫响应时空动力学。
毕业去向：澳大利亚James Cook大学攻读博士学位。
2021级 张晓慧：肿瘤治疗中的最优控制问题。
毕业去向：陈经纶中学分校任教。
2022级 孙澜菲：肿瘤适应性治疗的动力学模型。
毕业去向：苏州云龙实验公司
2023级 王孝鑫：细胞尺度的免疫响应动力学。
拟毕业去向：公务员
康凯：传染病动力学。
拟毕业去向：企业研发
侯玉可：网络药理学 。(协助指导)
毕业去向：美国俄亥俄州立大学攻读博士学位
2024级 张乐怡：肿瘤演化动力学。
2025级 梁志中：肿瘤复杂系统建模及分析。
冯亦帆：肿瘤适应性治疗的最优控制。（共同指导）
同时协助指导博士研究生5名，进行肿瘤系统生物学和放疗方面的项目研究。
发表论文
在系统生物学、微分方程、传染病动力学、临床数据分析等方向累计发表17篇论文，其中16篇为1区或2区。
1. Changjing Zhuge, Jinzhi Lei, Michael C. Mackey, Neutrophil dynamics in response to chemotherapy and G-CSF, Journal of Theoretical Biology, 2012, 293: 111-120 (2区)
2. Changjing Zhuge, Ying Chang, Yanjun Li, Yingyu Chen, Jinzhi Lei, PDCD5-Regulated Cell Fate Decision after Ultraviolet-Irradiation-Induced DNA Damage, Biophysical Journal, 2011, 101(11): 2582-2591 (1区)
3. Changjing Zhuge, Xiaojuan Sun, Jinzhi Lei, On positive solutions and the Omega limit set for a class of delay differential equations. Discrete and Continuous Dynamical Systems - Series B, 2013, 18(9), 2487-2503 (2区)
4. Changjing Zhuge, Xiaojuan Sun, Yingyu Chen, Jinzhi Lei, PDCD5 functions as a regulator of p53 dynamics in the DNA damage response, Journal of Theoretical Biology, 2016, 388, 1~10 (2区)
5. Romain Yvinec, Changjing Zhuge, Jinzhi Lei, Michael C. Mackey, Adiabatic reduction of a model of stochastic gene expression with jump Markov process. Journal of Mathematical Biology, 2014, 68(5) : 1051-1070 (2区)
6. Yuanhong Bi, Zhuoqin Yang, Changjing Zhuge, Jinzhi Lei, Bifurcation analysis and potential landscapes of the p53-Mdm2 module regulated by the co-activator programmed cell death 5, Chaos, 2015, 25(11): 113103 (封面, 1区)
7. Liulai Wen, Liuyang Han, Haibin Zhou, Changjing Zhuge, Developing charring rate models for Chinese species based on the thermodynamic theory, Wood Science and Technology, 2017.9, 51(5): 1117-1131 (1区)
8. Changjing Zhuge, Michael C. Mackey, Jinzhi Lei, Origins of oscillation patterns in cyclical thrombocytopenia, Journal of Theoretical Biology, 2019, 462, 432-445 (2区)
9. Wuyue Yang, Dongyan Zhang, Liangrong Peng, Changjing Zhuge*, Liu Hong*, Rational evaluation of various epidemic models based on the COVID-19 data of China, Epidemics, 2021, 37, 100501. (2区)
10. Yanan Cai, Zhongrui Zhao, Changjing Zhuge*. The spatial dynamics of immune response upon virus infection through hybrid dynamical computational model. Frontiers in Immunology, 2023, 14, 1257953. (1区)
11. Shengjun Liu, Longxiang Su, Changjing Zhuge, Huaiwu He, Yun Long, Initial 24-h perfusion index of ICU admission is associated with acute kidney injury in perioperative critically ill patients: A retrospective cohort analysis. Journal of Intensive Medicine, 2023, 3, 261–267.
12. Shengjun Liu#, Changjing Zhuge#, Jiahui Zhang, Na Cui, Yun Long, Simplified immune-dysregulation index: A novel marker predicts 28-day mortality of intensive care patients with sepsis. Shock, 2024, 61(4), 570-576. (1区)
13. Dongyan Zhang#, Wuyue Yang#, Wanqi Wen, Liangrong Peng, Changjing Zhuge*, Liu Hong*, A data-driven analysis on the mediation effect of compartment models between control measures and COVID-19 epidemics, Heliyon, 2024, 10(13), e33850. (1区)
14. Xiaoxin Wang#, Kai Kang#, Leyi Zhang, Changjing Zhuge*, Heterogeneous immune recovery after viral response through a dynamical model of feedback-driven persistence and clearance. Frontiers in Immunology, 2026, 17, 1719213. (1区)
15. Jiahe Wang#, Yan Wu#, Yuke Hou, Yang Li, Dachuan Xu, Changjing Zhuge*, Yue Han*, Data-driven universal insights into tumorigenesis via hallmark networks. npj Systems Biology and Applications, 2025, 11, 131. (1区, nature合作期刊)
16. Haifeng Zhang, Changjing Zhuge, and Jinzhi Lei, A tumor-immune model of chronic myeloid leukemia with optimal immunotherapeutic protocols. International Journal of Biomathematics, 2025, accepted, doi:10.1142/S1793524525500287. (1区)
17. Lanfei Sun#, Haifeng Zhang#, Kai Kang, Xiaoxin Wang, Leyi Zhang, Yanan Cai, Lei Zhang*, Changjing Zhuge*, Conditional Success of Adaptive Therapy: The Role of Treatment Thresholds and Non-Existence of Optimal Strategies Revealed by Mathematical Modelling and Optimal Control. Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2026, accepted, doi:10.1051/mmnp/2026010. (1区)
科研项目
1. 国家自然科学基金青年科学基金，动态血液病的动力学机制及其治疗方案研究，2019/01-2021/12，主持
2. 国家自然科学基金数学天元青年基金， PDCD5调控的细胞凋亡通路的数学模型，2017/01-2017/12，主持
3. 国家重点研发计划，肿瘤智慧放疗关键问题研究与转化，2024/12-，参与、骨干
其他
CSIAM数员工命科学专委会委员
联系方式
zhuge (__at__) bjut.edu.cn
